L'homophobie et la transphobie touchent à l'École de nombreux élèves : les jeunes identifiés comme gays, lesbiennes, bi ou trans (LGBT) - qu'ils le soient ou non - mais aussi les élèves qui s'écartent de la norme de leur sexe ou encore les enfants de familles homoparentales. Les résultats de l'enquête de climat scolaire et victimation auprès des lycéens pour l'année scolaire 2017-2018 publiés par la DEPP en décembre 2018 indiquent que 3,9 % des lycéens déclarent être victimes d'insultes homophobes, 4,9 % des élèves en lycée professionnel. Parfois banalisées, ces violences homophobes et transphobes se sont installées dans le quotidien des classes et peu d'élèves osent en parler. L'institution scolaire doit par conséquent porter un regard lucide sur cette situation et lutter contre l'isolement des élèves, qui est parfois renforcé par la difficulté à trouver du soutien dans le cercle proche.